众所周知，论文里的图表是给读者最直观的信息，最能反映结果的形式。学者看一篇论文，一般先阅读摘要，然后浏览引言，翻看文章图表，并试着锁定最重要的一两张图，确保自己弄明白插图到底表达了什么。那么插图无疑是文章很重要的部分。
针对主要基于信息分析的组学文章，插图是论文的画龙点睛之笔，漂亮的生信分析图能提升论文分数，比如，GO和KEGG分析是组学SCI论文中最常用的基因注释分析方法，分析结果通常展示方法如下图：
而换一款软件，采用ClueGO可以形象地展示pathway之间的关系，以及gene在pathway中的富集情况，论文瞬间提升一个档次，如下图：
那么这款高逼格神器是什么？如何使用呢？且听小编娓娓道来~~
ClueGO是一款用于在功能分组的网络中可视化大型基因簇的cytoscape插件，可以与GOlorize或CluePedia结合使用。它整合了GO，KEGG，BioCarta，WikiPathways，InterPro等数据库。它既可以分析单个簇，又可以基于多个簇功能之间的特异性和相同方面来比较。terms之间的连接度是由kappa统计算法计算得到。
好啦，话不多说，接下来小编就带大家手把手绘制高逼格ClueGO网络图，一起为冲击高分SCI添砖加瓦，come on！
安装
1、安装之前先申请license key，申请网站http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoLicense.shtml 。
2、菜单Apps－＞App Manager菜单搜索ClueGO点击安装，安装成功后在Apps菜单可以看到ClueGO，点击打开。
使用方法
打开clueGO软件，选择CluePedia Gene/miRNA选项 
下拉框可以选择物种，默认只有人和小鼠，可以点击
按钮下载其他物种。在文本框中输入miRNA ID，点击start。
Ctrl+A 全选miRNA，然后在下图中的红色方框内选择如红色箭头所示。点击Enrich，得到如下miRNA对应靶基因的网络图。
1、miRNA靶基因功能分析
Ctrl+A 选中所有节点，选中ClueGO：Function，选择从网络图中加载节点“Network”然后点击文件夹，文本框中就会变成如下ID。
2、添加靶基因相关的miRNA
按照下图红色箭头所示，选择 
show all genes from all pathways/terms，点击Update。
隐藏小label，只显示同一分组的Group leading term，Group leading term的定义有几种方式，如下图所示，这里的Group leading term是指显著性最高的节点。
3、Term条形图
纵坐标表示Term，横坐标表示该Term上相关的Gene个数，label表示在该Term上输入的基因个数占这个Term的所有相关基因个数的百分比。
4、Group饼图
不同颜色代表不同Group，Group的label用该分组中的group leading term（比如分组中最显著的Term），分组在饼图中的占比用分组中Term的个数来衡量。
